处理输出的vasp数据

1 pyvasp

这个命令是的到一些基本的信息, 例如能量, 带隙, 费米能级, Ewald能, 电子数等等. 例子:

$ pyvasp  gap  -w . # this can read the gap and vbm, cbm
$ pyvasp  fermi  # this can read the fermi energy
$ pyvasp  energy  # this can read the total energy
$ pyvasp electron_number  # this can read the electrons in your OUTCAR
$ pyvasp  electron_defect_free . # this can get electrons number of  the defect-free system
$ pyvasp image  # this can get Ewald energy of your system,
$ # using `pyvasp  ewald image_corr` can also get the same result.
$ pyvasp  cpu # get total run time

-w 指定计算的文件夹, 默认是当前文件夹. 这里还有一个是的到electrostatic能的命令是:

$ pyvasp  electrostatic  23 # 得到 23 号原子的静电势能

2 pyvasp symmetry

得到结构对称性的一些信息:

$ pyvasp symmetry  spacegroup POSCAR # get space group
$ pyvasp symmetry  equivalent POSCAR # get equivalent atoms
$ pyvasp symmetry  primitive POSCAR

3 pyvasp diff_pos

用于比较两个POSCAR是否是一个结构, 这里需要保证两个POSCAR是同一个晶胞, 并且给出未掺杂的结构的POSCAR. 具体而言即为, 例如有一个原始的金刚石结构的Si的POSCAR, 然后将其中一个Si替换成C, 然后你有两个替换不同位置的Si的POSCAR1,POSCAR2 那么你就可以比较POSCAR1和POSCAR2是否是等价的:

$ pyvasp diff_pos --help
Usage: pyvasp diff_pos [OPTIONS] <primitive_poscar> <poscar1> <poscar2>

$ pyvasp diff_pos POSCAR POSCAR1 POSCAR2

4 pyvasp get_grd_state

用于得到一系列结构的能量最低的结构的序号. 例如你用 pyvasp get_point_defect 生成了许 多结构, 然后计算完能量就可以使用该命令得到能量最低的结构的序号:

$ pyvasp get_grd_state -h
Usage: pyvasp get_grd_state [OPTIONS] <your job name> <the last number of jobs>

 Exmaple:

 pyvasp get_grd_state -s 2 task 100

Options:
 -s, --start_job_num INTEGER
 -h, --help                   Show this message and exit.